Amal Usaha dan Lembaga Pendukung. Selain program-program gerakan utama, Hidayatullah juga memiliki sejumlah amal usaha dan lembaga yang mendukung misi organisasi, di antaranya:

1. Baitul Maal Hidayatullah
Lembaga ini bertujuan mengelola dana zakat, infak, sedekah, wakaf, dan hibah umat. Lembaga ini telah mendapat pengukuhan sebagai lembaga amil zakat nasional (LAZNAS) melalui SK Menteri Agama RI No 538 tahun 2001. Kini, Baitul Maal Hidayatullah telah memiliki 43 kantor perwakilan dan 190 jaringan pos peduli.

2. Kelompok Media Hidayatullah
Lembaga ini merupakan sarana dakwah Hidayatullah lewat tulisan. Ada beberapa produk media massa yang diterbitkan oleh Kelompok Media Hidayatullah, yaitu majalah bulanan Suara Hidayatullah yang kini beroplah 55 ribu eksemplar, situs berita Hidayatullah.com, majalah Edisi Khusus Hidayatullah yang terbit empat bulan sekali, dan buletin al-Qolam. Lembaga ini memiliki pula devisi percetakan (Lentera Jaya Madina), penerbitan (Lentera Optima Pustaka), dan konsultan media (Lentera Prima Media).

3. Tim SAR Hidayatullah
Untuk mengantisipasi maraknya musibah dan bencana alam di Indonesia, pada tahun 2004 Hidayatullah membentuk Tim SAR (Search and Rescue). Tim ini pertama kali diterjunkan pada bencana Tsunami di Aceh. Tim ini dilatih oleh istruktur SAR Hidayatullah dari unsur kepolisian, Angkatan Darat, Angkatan Laut, maupun Angkatan Udara. Selanjutnya telah dibentuk tim SAR Rayon di beberapa daerah untuk mengantisipasi bencana setempat.

4. Pusat Pendidikan Anak Saleh (PPAS)
Lembaga ini bertujuan membantu anak-anak yatim piatu dan kurang mampu di setiap perwakilan daerah. Anak-anak tersebut ditempatkan dalam asrama, diberi pendidikan diniyah, dan dikembangkan bakat serta minat mereka. Ada lebih dari 200 PPAS Hidayatullah dengan rata-rata jumlah anak yatim piatu dan tidak mampu 100 per PPAS.

5. Islamic Medical Service (IMS)
Lembaga ini memiliki tiga program utama, yaitu layanan kesehatan individu, layanan tanggap darurat (emergency), dan layanan kesehatan masyarakat.

Layanan kesehatan individu dilakukan dengan mendirikan klinik kesehatan, rumah bersalin, dan rumah sakit. Sedangkan layanan tanggap darurat diupayakan menjangkau daerah bencana, daerah terpencil, daerah minus (pedesaan), dan daerah perkotaan yang kumuh dan miskin.

Adapun layanan kesehatan masyarakat dilakukan dengan mendirikan sekolah dan perguruan tinggi kesehatan, mencetak kader kesehatan, menyelenggarakan seminar, simposium, pelatihan kesehatan, penyuluhan, pembinaan masyarakat (community development) dan penelitian bidang kesehatan.

6. Induk Koperasi Hidayatullah (Inkophida)
Induk Koperasi Hidayatullah (Inkophida) adalah koperasi sekunder yang menjadi wadah seluruh jaringan Koperasi Hidayatullah yang tersebar diseluruh Indonesia. Inkophida didirikan di Jakarta pada tahun 1999, dan telah mendapatkan pengesahan dari Menteri Koperasi dan Pemberdayaan Usaha Kecil dan Menengah Republik Indonesia nomor : 013/BH/M.1/1999, tanggal 9 April 1999.

Saat ini Inkophida memiliki 9 (sembilan) Puskophida (Pusat Koperasi Hidayatullah) ditingkat provinsi dan 142 Kophida (Koperasi Primer Hidayatullah) di tingkat Kabupaten/Kota. Visi Inkophida adalah membangun jaringan ekonomi ummat yang berkeadilan dan saling menguntungkan.
Hidayatullah dan pemberdayaan masyarakat pedalaman.

Sebagai organisasi yang lahir di Kalimantan Timur, maka Hidayatullah memiliki perhatian besar terhadap pengembangan wilayah Kalimantan. Selain di Kalimantan, Hidayatullah juga memberikan perhatian kepada Irian (Papua). Di hampir semua kota di Papua, terdapat da’i Hidayatullah, yang salah satu kegiatannya adalah mendirikan pesantren, dengan menerima murid dari lingkungan setempat. Hal serupa dilakukan di Timor Timur sebelum kawasan itu lepas dari Indonesia.*