Struktur Organisasi Hidayatullah terdiri atas Pimpinan Umum, Majelis Penasehat, Dewan Pertimbangan, Dewan Mudzakarah, Dewan Pengurus Pusat, Dewan Pengurus Wilayah, Dewan Pengurus Daerah, Dewan Pengurus Cabang dan Dewan Pengurus Ranting.

Pimpinan Umum adalah pemimpin tertinggi yang memangku amanah kepemimpinan tanpa dibatasi jangka waktu tertentu. Sedang struktur lainnya dipilih melalui musyawarah setiap 5 tahun.

Pimpinan Umum Hidayatullah saat ini dijabat oleh KH Abdurrahman Muhammad. Adapun Majelis Penasehat berjumlah 5 orang dan diketuai oleh KH Abdullah Ihsan. Dewan Pertimbangan beranggotakan 5 orang dengan ketuanya Dr. H. Abdul Mannan, MM. Dewan Mudzakarah beranggotakan 11 orang yang diketuai oleh Ir. H. Abu ’Ala Abdullah, M.Hi

Dewan Pengurus Pusat (DPP) Hidayatullah (periode 2015-2020) dipimpin oleh KH. Dr. Nashirul Haq, Lc, MA, Sekretaris Jenderal Ir. H. Candra Kurnianto, dan Bendahara Umum Drs. H. Wahyu Rahman.

Ada empat bidang di bawah DPP Hidayatullah, yakni Bidang Organisasi dengan ketuanya Ir. H Hairil Baits, Bidang Tarbiyah dengan ketuanya Drs. H. Tasyrif Amin, M.Pd.I, Bidang Pelayanan Ummat dengan ketuanya Drg. H. Fathul Adhim, M.KM, dan Bidang Perekonomian dengan ketuanya H. Asih Subagyo, S. Kom.

Selain Dewan Pengurus Pusat, Hidayatullah juga telah membentuk 34 Dewan Pengurus Wilayah (100% dari jumlah provinsi di seluruh Indonesia) dan 297 Dewan Pengurus Daerah (57,4% dari jum lah Kabupaten/Kota di seluruh Indonesia).