Struktur kepengurusan Hidayatullah tingkat pusat adalah terdiri dari Majelis Penasehat Pusat (MPP), Dewan Pertimbangan Pimpinan Umum (DPPU) Dewan Mudzakarah (DM) dan Dewan Pengurus Pusat (DPP). Keempat unsur ini merupakan lembaga tinggi organisasi yang tunduk di bawah kebijakan Pimpinan Umum.

Berdasarkan keputusan Musyawarah Nasional IV Hidayatullah yang berlangsung pada tanggal 7-10 November 2015 di Balikpapan, Kalimantan Timur, maka ditetapkan Ketua Umum DPP Hidayatullah periode 2015-2020 adalah Nashirul Haq, Lc, MA dan Sekretaris Jenderal adalah Ir Candra Kurnianto.

Ketua Umum Dewan Pengurus Pusat (DPP) ditetapkan melalui Musyawarah Nasional (Munas) lima tahun sekali. Struktur di bawah DPP terdiri dari Dewan Pengurus Wilayah atau DPW (tingkat provinsi), Dewan Pengurus Daerah atau DPD (tingkat kabupaten/kota), Dewan Pengurus Cabang atau DPC (tingkat kecamatan) dan Dewan Pengurus Ranting atau DPRa  (tingkat Desa/Kelurahan).