Ada beberapa amal usaha dan badan usaha yang kini dimiliki oleh Hidayatullah, yakni:

1. Lembaga Amil Zakat Nasional Baitul Maal Hidayatullah (BMH)

Lembaga ini menghimpun dana zakat, infaq, sedekah, kemanusiaan, dan CSR perusahaan, serta mendistribusikannya melalui program pendidikan, dakwah, sosial dan ekonomi secara nasional. Kantor layanan LAZNAS BMH hadir di 27 Propinsi dengan 69 unit pembantu penghimpunan (UPP) zakat, infak dan sedekah. Kiprah program BMH dari hasil pengelolaan zakat telah membantu setidaknya 287 pesantren, 5.213 dai di seluruh Nusantara, ribuan keluarga dhuafa, dan ribuan anak usia sekolah. Pada Desember 2015, BMH resmi dikukuhkan kembali sebagai LAZNAS oleh Kementrian Agama RI dengan SK No 425 Tahun 2015 dan sesuai ketentuan UU Zakat No 23/2011.

2. Tim Search and Rescue (SAR)

SAR HIDAYATULLAH adalah lembaga kemanusiaan dan pengkaderan yang diharapkan mampu membentuk masyarakat yang solid, berdedikasi serta loyalitas tinggi terhadap sesama. SAR Hidayatullah telah ikut serta membangun bangsa dan melaksanakan kegiatan-kegiatan kemanusian terutama dalam hal pencarian dan penyelamatan. Tim SAR Hidayatullah telah membentuk 8 pusat komunikasi di 8 provinsi. Tim ini aktif menangani bencana maupun training-training survival (outbound) di berbagai institusi.

3. Kelompok Media Hidayatullah (KMH)

Ada beberapa produk media massa yang diterbitkan oleh Kelompok Media Hidayatullah, yaitu majalah bulanan Suara Hidayatullah yang kini beroplah 50 ribu eksemplar, situs berita Hidayatullah.com, majalah keluarga Karima, Radio Mitra Suara Batu (Malang, Jawa Timur), dan buletin al-Qolam. Kelompok media ini memiliki pula devisi percetakan (Lentera Jaya Madina) dan penerbitan (Lentera Opti ma Pustaka).

4. Lembaga Wakaf Hidayatullah

Lembaga ini di tujukan untuk mewadahi mereka yang ingin mewakafkan tanah, bangunan, kebun, saham, serta uang cash (wakaf tunai). Penggunaan harta wakaf mengacu pada niatan pewakaf (wakif).

5. Pos Dai

Lembaga dakwah yang menaungi kiprah para dai yang tersebar di seluruh Nusantara. Hadirnya lembaga ini bertujuan untuk membantu masyarakat yang membutuhkan bimbingaan ber-Islam, terutama mereka yang berada di wilayah pedalaman, terpencil, miskin sumberdaya, minoritas Muslim, wilayah konflik dan bencana, serta rawan pemurtadan.

6. Islamic Medical Service (IMS)

Lembaga kemanusiaan nasional yang menfokuskan diri pada bidang kesehatan dan sosial. Program utamanya adalah memberi layanan cepat bidang tanggap darurat (emergency), khususnya keti ka terjadi bencana. Program lainnya adalah bakti sosial, dompet ta’awun, mobil ambulance gratis dan mendirikan klinik-klinik sosial yang didedikasikan kepada kalangan miskin.

7. Pusat Pengembangan Pendidikan Integral (P3I)

Lembaga ini bertujuan untuk mempercepat pengembangan Sekolah Integral Hidayatullah,baik dari segi kualitas maupun kuanti tas.

8. Badan Pengembangan Pusat Pendidikan Anak Shaleh (BP3AS).
Sama halnya seperti P3I, badan ini pun bertujuan untuk mempercepat pengembangan Pusat Pendidikan Anak Sekolah, baik kualitas maupun kuantitas.

9. Badan Pengelola Kartu Anggota Hidayatullah. Badan ini bertugas mengelola pendaftaran, pelayanan, dan iuran anggota secara nasional.

10. Majelis Siyasah, sebagai lembaga pengkajian bidang politik.