Gerakan utama (mainstream) Hidayatullah adalah dakwah dan pendidikan (tarbiyah). Di bidang dakwah, Hidayatullah secara kontinyu telah menyebarkan dai-dainya hingga ke daerah minoritas dan pedalaman. Selain itu Hidayatullah telah menyelenggarakan sejumlah program seperti bina akidah, Grand MBA, dan Pos MTQ.

Program bina akidah adalah program pembinaan singkat untuk masyarakat umum, terutama mereka yang tertarik berjuang menegakkan Islam bersama-sama Hidayatullah. Mereka yang selesai mengikuti program ini dipersilahkan untuk mengikuti serangkaian program pembinaan lanjutan dengan sistem halaqoh, taklim diniyah, dan marhalah.

Program Grand MBA (Gerakan Dakwah Mengajar dan Belajar Al-Qur’an) memfokuskan kegiatannya pada penerjemahan Al-Qur’an secara cepat kemudian menelaahnya melalui metoda MBA.

Bagi peserta yang selesai mengikuti program ini wajib mengajarkannya kepada orang lain minimal 10 orang dalam kurun waktu tertentu, sehingga semakin banyaklah masyarakat yang mampu membaca dan memahami Al-Qur’an. Implementasinya, di setiap lokasi dakwah didirikan Majelis Ta’lim Al-Qur’an (MTQ) di bawah bimbingan seorang mu’allim.

Sedangkan di bidang pendidikan, Hidayatullah telah memiliki tiga sekolah tinggi, yaitu Sekolah Tinggi Agama Islam Luk-man al-Hakim (STAIL) di Surabaya, Jawa Timur, Sekolah Tinggi Ilmu Syariah Hidayatullah (STIS Hidayatullah) di Balikpapan, Kalimantan Timur, dan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Hidayatullah (STIE Hidayatullah) di Depok, Jawa Barat.

Ketiga sekolah tinggi ini didirikan untuk mencetak cendikiawan Muslim yang berkualitas sekaligus sebagai dai. Di dalamnya terdapat jalur khusus kader dai dengan sistem beasiswa ikatan tugas dakwah. Setelah lulus mereka ditugaskan ke seluruh pelosok Indonesia untuk berdakwah dan memperluas jaringan dakwah Hidayatullah.

Selain sekolah tinggi, Hidayatullah juga me¬miliki Taman Pendidikan Al-Qur’an, Taman Kanak-kanak dan Play Group atau Raudhatul Athfal, Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah, Sekolah Menengah Pertama atau Madrasah Tsanawiyah dan Sekolah Menengah Atas atau Madrasah Aliyah. Setidaknya di setiap wilayah ada satu je¬nis lembaga pendidikan tersebut.

Pendidikan di Hidayatullah menganut konsep ”integral berbasis tauhid.” Konsep ini diimplementasikan sejak Taman Kanak-Kanak hingga Perguruan Tinggi.

Selain itu, Hidayatullah memiliki 322 pesantren yang tersebar di seluruh Indonesia. Di samping dihuni santri, pesantren-pesantren tersebut juga ditempati para guru, pengasuh, pengelola, dan jamaah Hidayatullah yang berkeinginan menetap di sekitar Pesantren.

Karena itu, pesantren-pesantren Hidayatullah, selain berfungsi sebagai tempat mendalami ilmu agama (wajib ‘ain/di¬ni-yah) dan ilmu umum (wajib kifayah), juga berfungsi sebagai miniatur peradaban Islam.